Inför uppförandet av F 8 Barkarby diskuterades det hur flottiljen skulle se ut, dvs hur byggnaderna skulle ligga i förhållande till varandra. Originalplanen som ritades upp var av "regementsmodell", dvs att flottiljens byggnader skulle byggas ungefär som de gjorts på våra arméregementen runt om i landet. Byggnaderna skulle i stort centreras kring en exercisgård. De enda byggnaderna som skulle ligga på något längre avstånd var hangarerna som skulle byggas på rad utmed Enköpingsvägen.

Dessa planer var tämligen långt gångna innan de förkastades och en ny byggnationsplan tog form. Den var utformad enligt det nya begreppet "flygskydd" och innebar i stort att byggnader måste ligga med minst 100 meters mellanrum och till utformandet vara av samma utseende som vanliga bostadshus. Detta för att försvåra identifikation från luften samt att det vid bombanfall skulle vara betydligt svårare att orsaka svåra och bestående skador på ett flertal byggnader med så att säga, en och samma bomb.

Dock visade det sig att den skogiga bergsterrängen, framför allt kring det som senare skulle bli kanslihöjden, gjorde framdragning av vatten-, avlopp och värmeledningar betydligt mer kostsam än planerat och vissa avsteg från avståndsbestämmelserna gjordes därmed.       

Byggnaderna och hangarerna var från början grönmålade, även detta för att försvåra upptäckt från luften. Under slutet av 50-talet påbörjades ommålning av samtliga fasader till den kulör vi kan se på flottiljbyggnaderna idag. Detta måleriarbete pågick under ett par år då det var knappa anslag för denna typ av "upprustning". Kanslihuset var under en tid målat i flerfärgskamoflage. En ljus färg och en mörk, troligtvis grönt och ljusbrunt.